Hlavní rozdíly se týkají pravopisu, morfologie a fonetiky. Drtivá většina slov je v obou jazycích podobná, rozdílná je pouze jejich forma.
Čeština má oproti slovenštině tyto grafémy navíc: Ě (měkké E), Ř (v ruštině přepisováno jako РЖ nebo РШ) a Ů (dlouhé U, které na rozdíl od Ú nikdy nesmí být na začátku slova). Slovenština má navíc Ä (zřetelné E), Ľ (měkké L), Ĺ (dlouhé L), Ô (jako ruské přízvučné O) a Ŕ (dlouhé R).
Celkově je slovenská gramatika mnohem jednodušší a pravidelnější než česká. Ve slovenštině například vždy musí po dlouhé samohlásce následovat krátká, v češtině takové pravidlo není (čes. krásný, slov. krásny). Čeština na rozdíl od slovenštiny nedodržuje spodobu znělosti, řídí se historickými pravidly (čes. zprávy, slov. správy). Skloňování se mezi jednotlivými vzory v češtině velmi liší (7.p.: čes. s pány, s ženami, s městy, slov. s pánmi, s ženami, s mestami). Často také v češtině dochází ke změnám kmenové souhlásky, což slovenština nezná (čes. liga - v lize, slov. liga - v lige). Složitější je v češtině i časování, například 1. osoba jednotného čísla může být zakončena na -i, -u nebo -m, ve slovenštině vždy jen na -m. Koncovka pro minulý čas se v češtině liší podle rodu, ve slovenštině je stejná (čes. muži měli, ženy měly, města měla, slov. muži mali, ženy mali, mesta mali).
V češtině také zůstal zachován oslovovací pátý pád, ve slovenštině se používá při oslovování první (čes. pane!, ženo!, slov. pán!, žena!). Slovenština je bohatší na rozdíly mezi jednotlivými nářečími. Čeština má výraznější rozdíly pouze mezi moravskými a slezskými dialekty.
Slova jsou si z velké většiny podobná. Velké rozdíly jsou patrné v zoologické a botanické tematice, kde si slovenština vytvořila vlastní systém pojmenování. Další rozdíly se poté týkají přejatých slov, které druhý jazyk nemá. Zatímco čeština je hodně inspirována němčinou, slovenština má mnoho přejatých slov z maďarštiny.